IBIMA Forschung Lehre Dienstleistungen Aktuelles ROBISYS
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Automatische Annotationsextraktion für cDNA Expressionsdaten |
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Viele Forschungsgruppen des Klinikums benutzen im
Bereich der Genexpressionsanalyse die Chiptechnologie von Affymetrix™.
Im Ergebnis der cDNA Expressionsexperimente liegen Pivot- bzw. Querytabellen im Excel- bzw.
Textformat vor, in denen Tausende von Genen und Gensequenzen auf ihre Expression
hin analysiert wurden. Um weitere Informationen zu den analysierten Genen zu
erhalten, die nicht im Ergebnis der cDNA Expressionsanalyse mit
Affymetrix™ vorliegen, empfiehlt sich eine automatische Datenbankrecherche im
Internet. Die Datenbank Entrez Nucleotide am National Center for Biotechnology Information (NCBI) ist eine Sammlung von Daten unterschiedlichster Quellen wie z.B. GenBank, RefSeq oder PDB mit einer enorm hohen Zugriffsrate (http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?CMD=&DB=nucleotide). Hier findet man u.a. weitere Informationen zu analysierten Genen in Form von Textbeschreibungen oder auch Datenbanknummern in anderen großen Internet-Datenbanken wie EMBL/DDBJ/GenBank. Das Institut für Medizinische Informatik und Biometrie bietet Wissenschaftlern des Klinikums der Universität Rostock an, spezielle Annotationen aus der Internet-Datenbank Nucleotide am NCBI zu vorgegebenen cDNA Expressionsdaten von Affymetrix™ zu extrahieren. Dieser Service unterstützt insbesondere Forschungsprojekte. | ||||||||||||||||
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zuletzt geändert: 30.10.2005 |
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